史語所人員於遷台初期，於楊梅火車站的倉庫辦公。1951年，朱家驊代院長（前排左四）及時任通信研究員之胡適先生（前排右四）前往楊梅探訪史語所同仁。
徐蚌會戰（淮海戰役）後，總辦事處開始規劃全院遷往臺、粵、桂等省，及與當地大學合作事宜。
總辦事處人員繞道成都，經香港來臺。
中研院代院長朱家驊抵臺灣。
最後撤離之總辦事處人員11名（含眷屬共16人），由重慶經香港抵達臺灣。統計撤遷臺灣之各所人員，除史語、數學兩所人員較完整外，餘僅地質所研究員陳愷1人（後辭職）及應臺糖邀請來臺的植物所研究員李先聞，並將位於臺北和平東路的臺灣辦事處作為總辦事處辦公室。
1948年秋，中研院決定遷臺，數學及史語所是得以順利搬遷的兩所之一。遷臺之後，史語所借用楊梅車站倉庫作為研究場所，1954年遷至南港；數學所借用臺灣大學二號館二樓教室一間做辦公室兼圖書室，直到1957年遷至南港為止。
