多所研究所、中心成立
評議會通過語言學研究所正式成所、設立環境變遷研究中心、生物多樣性研究中心、應用科學及工程研究所籌備處轉型為應用科學研究中心。
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環境變遷研究中心
觀測外行星HD189733b重大發現
英國期刊《自然》（Nature）刊載本院環境變遷研究中心梁茂昌助研究員參與的國際研究團隊太空望遠鏡對一系外行星HD189733b的觀測，成功發現水的存在。
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環境變遷研究中心環境系統生態實驗室
為瞭解全球環境變遷對集水區生態及生地化循環的影響，環變中心環境系統生態實驗室於2004年，在翡翠水庫進行長期研究，並於2006年8月，在大壩站放置一套全自動深度剖面監測系統，即時測量。
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環境變遷研究中心
自1960年代以後，由於臺灣工業高速發展，污染物排放在短短四十年增加了數十倍，並且由於工業、車輛及人口密集，目前每單位面積空氣污染物排放量在世界重要國家中排名第一， 導致臺灣環境品質嚴重惡化，空氣污染方面懸浮微粒及臭氧經常超出影響國人健康之標準，酸雨也造成嚴重環境問題。
有鑑於此，地球科學研究所於1999年11月成立環境變遷研究計畫，經過四年的籌備工作，環境變遷研究計畫穩定成長，遂於2004年1月正式成立環境變遷研究中心。當時辦公主要空間位於地球所二館二樓，另有部份空間在地球所一館地下室，在2006年，主要辦公場所遷至人文社會科學館南棟11樓。
環境變遷研究中心、地球科學研究所實驗大樓
2001年納莉颱風造成地球所嚴重淹水，地下室實驗室重要儀器全部損壞，為記取教訓，以最快速度在地球所後方興建二層高簡易建物，於2002年10月啟用，地球所實驗室正式搬入，而後環境變遷研究中心實驗室也遷入共用。
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