總統科學獎的宗旨在於提升臺灣在國際學術界之地位，獎勵數理科學、生命科學、社會科學及應用科學在國際學術研究上具創新性且貢獻卓著之學者，尤以對臺灣社會有重大貢獻之基礎學術研究人才為優先獎勵對象。 從2001年開始，每2年頒發一次，每屆上限為4名
第一屆總統科學獎在台北圓山大飯店舉行頒獎典禮，本院宋瑞樓院士、林長壽院士及原分所研究員兼所長劉國平先生獲選為首屆得獎者。本獎項為李遠哲院長規劃推動促成，係中華民國政府辦給從事基礎科學研究者之最高榮譽，每兩年頒發一次，每次得獎者最多四人。
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陳長謙院士專長為生物物理化學、細胞膜蛋白的結構及功能、核磁共振光譜、電子自旋光譜、X光光譜、生物無機化學、蛋白質結構與生物能量。他於1957年取得化學工程學士學位，1961年取得化學博士學位，隨後獲得美國國家科學基金會博士後研究獎學金，在美國哈佛大學投入物理學研究，並在美國加州大學河濱分校任教。1963年獲得加州理工大學邀聘，加入化學與化學工程學系，在此執教長達40年。1997年，陳院士接受本院李遠哲前院長邀請，移居臺灣，並於本院任職，曾任化學研究所所長，繼於1999年擔任本院副院長，現為本院客座講座。陳院士在學術生涯中獲得許多榮譽肯定，包括美國生物物理學會生物物理CBNet獎章、美國生物化學暨分子生物學學會William C. Rose獎章、國際自然科學院院士、美國藝術與科學院院士、美國物理學會院士、印度化學學會榮譽院士及世界科學院院士等，並於1988年當選本院院士。
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「生命科學組」李文雄院士專注於分子演化的研究，運用數學和統計分析專業，為許多演化生物學的難題提出前瞻見解。「應用科學組」胡正明院士的科學研究成果極為傑出豐碩，他領導研究團隊於1999年成功開發「鰭式電晶體」（FinFET），改善晶片過熱與微型化問題，將半導體製程帶入新境界，獲國際電機電子工程學會（IEEE）譽為「微電子領航者」。「數理科學組」葉永烜院士為彗星物理學、行星動力學、衛星與磁層之間相互作用等領域的知名科學家，他發表的研究論文超過500篇，其中有60餘篇刊登於《自然》和《科學》等國際頂尖期刊上，為人類瞭解太陽系和行星起源提供珍貴資料。<span style="\\"color:" rgb(0,="" 0,="" 0);="" font-family:="" "noto="" sans="" tc",="" 黑體-繁,="" "apple="" ligothic="" medium",="" pingfang,="" 微軟正黑體,="" "microsoft="" jhenghei",="" "wenquanyi="" zen="" hei",="" helvetica,="" arial,="" sans-serif;="" letter-spacing:="" 0.57px;="" text-align:="" justify;\\"="">
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