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1938年2月總辦事處遷移至重慶曾家岩中四路139號穎廬2樓，兩年後（1940年），又遷往重慶牛角沱生生花園。
圖為重慶時期總辦事處設于曾家岩最久，惟舊貌已不復蹤跡

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地質、物理、心理所遷入重慶；心理所先遷貴陽，途中遺失大部份圖書、雜誌及儀器，年末遷重慶北碚。

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總辦事處遷重慶。

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1944年12月，醫學研究所籌備處正式成立，暫設於重慶歌樂山上海醫院內。

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1940年年底，動植物、物理研究所遷往重慶北碚中國西部科學院，現為重慶自然博物館北碚陳列館。

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1938年2月總辦事處遷移至重慶曾家岩中四路139號穎廬2樓，兩年後（1940年），又遷往重慶牛角沱生生花園。
圖為生生花園現貌。（舊地名牛角沱，路名上清寺路）

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氣象研究所於1月29日遷至重慶通遠門外興隆街19號，隨即3月遷往曾家岩總辦事處辦公處。

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1949年，朱家驊率領總辦事處人員先遷往廣州，後遷往重慶，再撤至成都，12月18日朱家驊代院長飛抵臺灣，於臺北和平東路一段日式平房作為總辦事處辦公室。

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