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1949年中央研究院播遷臺灣。當時植物所研究人員幾乎滯留大陸，該所研究工作遂告中斷。復於1954年，胡適院長延聘資深研究員李先聞博士主持在臺復所的籌備工作。當時復所工作十分艱難，沒有既定的所址，缺乏人才及設備，研究人員也僅能暫時安頓在臺灣糖業試驗所、臺灣大學等研究機構內，直到1961年，生物館完工，所有分散在外的工作人員於1962年全部回到南港，植物所乃正式在台北復所。2005年5月25日經院方正式核定新所名為「植物暨微生物學研究所」。
照片為1960年代，植物所溫室。
1981年7月，為了改善植物所空間過度擁擠，1982年開始擴建大樓（今之東翼與南翼大樓），1985年完工，正式啟用。而後2005年5月25日經院方正式核定新所名為「植物暨微生物學研究所」，此樓也隨之更名為植微所研究大樓（李先聞紀念館）。
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