為鼓勵院內研究人員潛心於研究工作，不需為研究經費的籌措而多方申請研究計畫，因而分散研究主題；同時希望激勵研究人員，長期致力於知識領域重要課題的原創性研究，充分發揮研究潛能，期在日後有世界水準之重要貢獻，於2005年特訂定「中央研究院深耕計畫作業要點」，以拔擢院內傑出之研究人員，給予充分且長期的研究經費支持。
