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  • 大陸時期。1928~1949
  • 遷臺初期。1949年~
  • 南港時期。1954年~
  • 南港一甲子。~2014年......

時光回溯至1927年,國民革命軍北伐期間,由蔡元培為首,幾位新知識份子領袖於國民黨中央政治會議中提議成立中央研究院,全案迅速通過,籌備工作由是開展。
 1928年,蔡元培被任命為中央研究院首任院長,同年6月9日,中研院第一次院務會議於上海東亞酒樓召開,宣布中央研究院正式成立,並以拉丁文「Academia Sinica」作為西文名稱。1927~1934年間,在極為有限的經費下,一共籌辦了十個研究單位,包括:歷史語言、地質、天文、氣象、社會科學、物理、化學、工程、心理和動植物研究所。其後,在顛沛流離的抗戰期間,又增設數學、醫學與植物所三所。

1949年大陸易幟,中研院只有總辦事處、史語所和數學所等少數單位共50餘人隨政府遷移臺灣。 抵臺之初,史語所選擇租賃楊梅火車站的倉庫和幾戶民屋,做為兩千多箱珍貴書籍文物及研究同仁棲身之所。數學所則將運來之圖書用具,借放於臺大二號館二樓的一間教室。研究人員們在菲薄薪資與風雨飄搖的艱苦環境中,展開研究工作。

漠漠水田白鷺飛,1950年代的臺北近郊南港四分溪一帶,阡陌縱橫,猶如世外桃源。經費有限,四處尋訪之後,只能在此重建中研院。1954年夏,南港院區首批房舍落成。1957年,第二屆院士會議在南港恢復召開。1958年選出第二屆院士。
 1961年,公路局開始行駛臺北東站至舊莊間之定期班車,交通上的改善,使中研院走出孤立環境。 1982年,第一個五年計畫開始實行,在經費挹注下,各所陸續興建,隨著生物院區、文物陳列館、綠地、活動中心、體育館和人文館的落成,院區樣貌因此大大改觀。歷經各期建設,南港時期的中研院,在繼任院長胡適、王世杰、錢思亮、吳大猷、李遠哲、翁啟惠的戮力經營下,積極參與各項國際學術事務,成為蜚聲國際的學術殿堂。

2014年,中研院在南港重建已滿六十週年。歷經一甲子光陰,中研院如今擁有二十四個研究所、七個研究中心,及多達七、八千名的工作人員,與1949年抵臺時,寥寥50餘人的微薄基礎,已不可同日而語。
 現今的中研院,力圖在生命科學、數理科學、人文及社會科學三方面,保持均衡發展,除在基因體研究、原子和分子、天文及天文物理學等方面的成果走在世界前端外,人文及社會科學方面的研究成果也吸引全世界同行的注意,成為各國科學院或相關機構願意互訪交流的重量級學術單位。